La Médiathèque protestante de Strasbourg est située depuis plus de 150 ans dans le quartier de l’église Saint-Thomas. Son histoire pluriséculaire n’est pas banale. Fondé en 1544 par l’humaniste et réformateur Caspar Hédion, le Collegium Wilhelmitanum est d’abord une petite école destinée à former les étudiants pauvres à la théologie et au pastorat. Situé dans le couvent désaffecté attenant à l’église Saint-Guillaume (Wilhelm), le Collegium achète et accueille des dons et des legs testamentaires, dont ceux de Martin Bucer, de Jean Sturm ou encore de Matthieu et Catherine Zell.
Au 17e siècle, les logements de Saint-Guillaume sont insalubres. Le Collegium s’installe alors dans l’ancien couvent des dominicains qui accueillait déjà le Gymnase, berceau de l'Université de Strasbourg.
Forte de deux à trois mille livres de théologie et de culture générale, la bibliothèque survit aux confiscations révolutionnaires grâce à Christophe-Guillaume Koch, juriste, universitaire et chanoine du Chapitre de Saint-Thomas. Siégeant comme député à l’Assemblée, il obtient en 1790 que les biens protestants soient rayés de la liste des biens nationaux. En effet, les missions du Chapitre protestant et de ses fondations sont, cas unique en France, orientées vers la jeunesse et l’éducation : son patrimoine est donc déjà au service de la cité.
En 1860, les ouvrages sont sauvés d’un incendie grâce à l’intervention in-extremis d’Edouard Reuss, directeur du Gymnase protestant. La bibliothèque et l’internat sont déplacés dans les bâtiments actuels du quai Saint-Thomas. Ils sont, de fait, épargnés par le bombardement et l’incendie de 1870 qui provoque la disparition dramatique de la bibliothèque municipale et des archives de Strasbourg.
Aujourd’hui, la Médiathèque protestante réunit plus de 82 000 ouvrages et ressources documentaires. Son fonds ancien (66 incunables et des ouvrages précieux des 16e, 17e et 18e siècles) est accessible aux chercheurs sur rendez-vous.
Une vaste salle de lecture et de travail et un espace presse sont ouverts au grand public. En complément d’un fonds riche en théologie, philosophie, éthique, sociologie, histoire et pédagogie, de nouveaux rayons se sont ouverts à la peinture, au cinéma, à la littérature et à la bande dessinée.
Ouverte sur la cité et soucieuse d’interroger la pertinence et l’actualité du protestantisme, des conférences/dédicaces d’auteurs et des expositions y sont régulièrement organisées.