Le fonds cartographique de la Bnu fut constitué, dès sa création dans les années 1870, par des dons de bibliothèques publiques et privées. Il est complété par des achats chez des antiquaires ou des libraires d'occasion.

Le programme de numérisation des Cartes et plans d'Alsace, mené régulièrement depuis 2008, permet de présenter les pièces alsatiques les plus remarquables des collections cartographiques de la Bnu, depuis le 16e siècle, soit aujourd'hui plus de 2.000 documents. Ce programme pluriannuel a été rendu possible grâce à des subventions du Conseil général du Bas-Rhin et de la Région Grand Est.